בשלב הראשון יוקם 'הקו האדום', המרכזי במערכת.

הקו האדום מהווה, 'חוט השדרה' של מערכת הרכבות. הקו האדום יעבור באזור העמוס ביותר במטרופולין וישרת את מספר הנוסעים הרב ביותר ביחס לקווים עתידיים שיוקמו במסגרת חזון התחבורה של נ.ת.ע.

בקו האדום תנוע הרכבת העירונית מהתחנה המרכזית בפתח-תקווה, דרך בית החולים בלינסון, לאורך רחוב ז'בוטינסקי בבני ברק ורמת גן. הקו ימשיך לתחנת רכבת ארלוזורוב, יעבור ברחוב 'דרך פתח-תקווה', וליד מרכז עזריאלי, משם לדרום הקריה, מנשיה, שדרות ירושלים ביפו, ויסתיים בדרום בת-ים.

אורך הקו – כ- 22 ק"מ, מהם 10 ק"מ במנהרה, שתיחפר מתחת לפני הקרקע, ממנשייה/ נוה צדק בתל אביב ועד מעבר למחלף גהה.

בקו האדום יהיו 33 תחנות, 23 מתוכן תהיינה קרקעיות ו- 10 תת- קרקעיות. המרחק שבין התחנות הקרקעיות יהיה      כ- 500 מטר. המרחק שבין התחנות התת קרקעיות יהיה כקילומטר אחד.

תחזיות מקיפות, שנערכו לצורך תכנון פרויקט נ.ת.ע, מראות כי 120- 100 מיליון נוסעים בשנה צפויים עד שנת 2020 להשתמש בשירותי הרכבת העירונית בתוואי הראשי ('הקו האדום').